Majelis Masyayikh merupakan lembaga mandiri dan independen yang keanggotaannya berasal dari Dewan Masyayikh.
Undang-Undang Nomor 18 Tahun 2019 tentang Pesantren Pasal 26 mengamanatkan adanya sistem penjaminan mutu Pendidikan Pesantren, yaitu sistem yang berfungsi melindungi kemandirian dan kekhasan Pendidikan Pesantren, mewujudkan pendidikan bermutu, dan memajukan penyelenggaraan Pendidikan Pesantren.
Sistem penjaminan mutu Pendidikan Pesantren terbagi menjadi sistem penjaminan mutu internal yang diselenggarakan oleh Dewan Masyayikh. Pada setiap Pesantren serta sistem penjaminan mutu eksternal yang direncanakan, dilaksanakan, dievaluasi, dan dikembangkan oleh Majelis Masyayikh.
- Keanggotaan Majelis Masyayikh berasal dari Dewan Masyayikh. Mekanisme pemilihannya dilakukan oleh Ahlul Halli Wal Aqdi (AHWA) yang berasal dari unsur pemerintah dan asosiasi Pesantren berskala nasional.
- Berdasarkan usulan AHWA, Menteri Agama menetapkan Majelis Masyayikh berjumlah ganjil paling sedikit 9 orang dan paling banyak berjumlah 17 orang dengan merepresentasikan rumpun ilmu agama Islam.
- Dalam masa khidmat pertama tahun 2021-2026 pembentukan Majelis Masyayikh, Menteri Agama sebagaimana Keputusan Menteri Agama Nomor 1154 Tahun 2021 tentang Majelis Masyayikh telah menetapkan 9 orang anggota Majelis Masyayikh.
Logo Majelis Masyayikh terdiri dari kumpulan segiempat yang membentuk bintang. Bentuk itu terbagi atas lima bagian yang masing-masing melambangkan sila-sila dalam Pancasila. Lambang bintang merupakan simbol untuk sila ke-1 yaitu Ketuhanan yang Maha Esa. Bintang menggambarkan cahaya kerohanian yang berasal dari Tuhan kepada setiap manusia.
